東京に生まれる。旧制第七高等学校造士館の文科甲類、東京帝国大学農学部を経て、1931年、文部省東京科学博物館に入り、サルノコシカケ類の分類学的研究に従事、菌類標本庫を整備しその基礎を作った。1947年、農林省林業試験場に移り、森林病害の生態学的研究と防除に力を注いだ。退官後は神奈川県に自宅を構え、「神奈川キノコの会」の世話人・指導者として、神奈川県立博物館を拠点に多くの菌類愛好家を育成した。
日本を代表する菌類学者の一人。きのこの分類や生態学的研究を行い、多くの図鑑を出版してきのこの正しい知識の普及に多大な貢献をした。
『原色きのこ—茸の採集と見分け方』(今関六也, 1942, 三省堂)は、日本で初めての一般向けの菌類図鑑。本郷次雄との共著『原色日本新菌類図鑑Ⅰ・Ⅱ』(1987・1989, 保育社)は、菌類図鑑がほとんどなかった当時としては画期的なもので、その改訂版は現在でも菌類観察に欠かせない名著である。
図鑑に掲載された彩色豊かなきのこの細密画は、今関らが採集記録と研究のために各地で描いたきのこのスケッチ図が元になっている。