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| 過去に開催された特別展・企画展 | 開催期間 |
| 箱根ジオパークをめざして―箱根・小田原・真鶴・湯河原の再発見!― | 2011年12月10日〜2012年2月26日 |
| およげ!ゲンゴロウくん 〜水辺に生きる虫たち〜 | 2011年7月16日〜2011年11月6日 |
| 日本最初の植物同好会 〜横浜植物会の100年〜 | 2010年12月11日〜2011年2月27日 |
| 日本列島20億年 その生い立ちを探る | 2010年7月17日〜2010年11月7日 |
| 押し葉 〜古瀬義 植物標本コレクション〜 | 2009年12月5日〜2010年2月21日 |
| 木の洞をのぞいてみたら 〜樹洞の生きものたち〜 | 2009年7月18日〜2009年11月8日 |
| 46億年・地球のしごと 〜地質写真家が見た世界の地形〜 | 2008年12月6日〜2009年2月22日 |
| 「箱根火山」 いま証される噴火の歴史 | 2008年7月19日〜2008年11月9日 |
| 日本最後の秘境 南硫黄島 | 2007年12月8日〜2008年2月24日 |
| ナウマンゾウがいた! 〜温暖期の神奈川〜 | 2007年7月21日〜2007年11月4日 |
| パノラマにっぽん 〜地球観測衛星の魅力〜 | 2006年12月9日〜2007年2月25日 |
| ふしぎな生きもの菌類 ―動物?植物?それとも?― | 2006年7月15日〜2006年11月5日 |
| 丹沢写真・資料展 「丹沢 むかし・今・あした」 | 2005年12月10日〜2006年2月12日 |
| 化石どうぶつ園 ―北アメリカ漸新世の哺乳類― | 2005年7月16日〜2005年11月6日 |
| +2℃の世界 ―縄文時代に見る地球温暖化― | 2004年12月18日〜2005年2月27日 |
| 東洋のガラパゴス 小笠原 ―固有生物の魅力とその危機― | 2004年7月17日〜2004年10月31日 |
| きのこアート展 | 2004年4月24日〜2004年6月6日 |
| きらわれものだョ、全員集合! ―きらわれものたちの意外な素顔― | 2004年3月20日〜2004年4月4日 |
| 丹沢の自然−その生い立ちと生きもの− | 2003年11月1日〜2004年1月25日 |
| 侵略とかく乱のはてに 〜未来につなげる自然とは〜 | 2003年7月19日〜2003年9月15日 |
| 日本の自然にヘラクレスはいらない ―移入昆虫がもたらす諸問題を考える― | 2002年3月21日〜2002年4月6日 |
| ザ・シャーク ―サメの進化と適応・ケースコレクションより― | 2002年12月7日〜2003年3月2日 |
| 人と大地と―Wonderful Earth― | 2002年7月20日〜2002年9月29日 |
| みんなの手づくり恐竜展 | 2002年2月16日〜2002年3月17日 |
| 「地球の息吹 富士彩々」写真展 | 2002年1月4日〜2002年1月27日 |
| 地球を見る「宇宙から見た神奈川」 | 2001年10月20日〜2001年12月16日 |
| 神奈川の植物 その10余年の変化 | 2001年7月20日〜2001年9月16日 |
| ふしぎ大陸 南極展 | 2001年2月10日〜2001年4月8日 |
| 切手で語る魚類の世界 | 2000年9月23日〜2000年11月5日 |
| サルがいて、ヒトがいて ―野生動物との共存を考える― | 2000年7月15日〜2000年9月3日 |
| 匂いの不思議、香りの秘密 | |
| カラー魚拓の世界 | 1999年12月11日〜2000年1月16日 |
| のぞいてみよう!5億年前の海 ―三葉虫が見た世界― | 1999年10月1日〜1999年11月28日 |
| 海から生まれた神奈川 ―伊豆・小笠原弧の形成と活断層― | 1999年7月17日〜1999年9月5日 |
| 北アルプスの四季 ―岳をめぐりて― | 1999年4月24日〜1999年5月30日 |
| カニの姿 ―酒井コレクションから― | 1999年1月30日〜1999年3月31日 |
| ふれる彫刻Part2 ―地球の心を彫る!― | 1998年10月24日〜1998年11月23日 |
| オオカミとその仲間たち ―イヌ科動物の世界― | 1998年7月18日〜1998年9月27日 |
| 植物画で見る山の花 ―小林政紘作品集より― | 1998年4月25日〜1998年5月24日 |
| 日本の魚学・水産学事始め ―フランツ・ヒルゲンドルフ展― | 1998年2月1日〜1998年3月31日 |
| 地球再発見 ―新しい地球像をもとめて― | 1997年7月20日〜1997年11月3日 |
| 櫻井コレクションの魅力 ―偉大なアマチュア自然科学者の軌跡― | 1997年3月1日〜1997年5月11日 |
| 追われる生きものたち | 1996年7月20日〜1996年9月23日 |
| 日本最古の霊長類・中津層出土のサル化石 | 1996年3月1日〜1996年5月12日 |
| チョウとガの世界 | 1995年10月7日〜1995年11月26日 |
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